Simples, basta usar o HttpRewriteModule.

Para redirecionar de www.dominio.com para dominio.com faça:

server {
    server_name  www.dominio.com;
    rewrite ^(.*) http://dominio.com$1 permanent;
}

server {
    server_name  dominio.com;
    #configurações do servidor aqui
}

E para redirecionar de domínio.com para www.dominio.com, faça:

server {
    server_name  dominio.com;
    rewrite ^(.*) http://www.dominio.com$1 permanent;
}

server {
    server_name  www.dominio.com;
    #configurações do servidor aqui
}

Voilà!